需要分离的片段大小范围将决定凝胶中琼脂糖浓度的选择。典型的琼脂糖浓度为 0.5% 至 3.0%。对于大的 DNA 片段,需要低浓度凝胶,而对于小的 DNA 片段,建议使用高浓度凝胶。弱凝胶(0.5% 琼脂糖)应在低温(如 -4°C)下电泳。常规电泳建议使用 0.75%至 1.0%的琼脂糖凝胶,分离范围较广(0.15 至 15 kb)。通常选择 2...4%的琼脂糖凝胶来分辨 PCR 片段。如果需要对凝胶进行拍照,使用低浓度琼脂糖的薄凝胶(2 至 3 毫米)比使用厚凝胶或高浓度凝胶更好。后者会增加不透明度和自发荧光。
电泳缓冲液
TAE 缓冲液可为长度大于 4 kb 的片段提供最佳分辨率,而对于 0.1 至 3 kb 的片段,则应选择 TBE 缓冲液。与 TAE 相比,TBE 具有更高的缓冲能力和更低的电导率,因此应用于高压电泳。此外,在同等电压下,TBE 缓冲液比 TAE 产生的热量少,而且不会出现明显的 pH 值漂移。注意:由于 TAE 的缓冲能力较低,在进行全长电泳时,尤其是在较高电压下,应不时循环或混合 TAE。
温度影响
高电压电泳会产生热量。此外,高导电率缓冲液(如 TAE)比低导电率缓冲液产生更多热量。
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